São ambas palavras latinas, introduzidas na linguagem médica para expressar, respectivamente, o conjunto de substâncias ingeridas e o conjunto de substâncias excretadas.
        Ingesta, em latim, é plural de ingestum, particípio passado neutro do verbo ingerere. Excreta é plural de excretum, particípio passado neutro do verbo excernere.Como formas nominais dos verbos, os particípios podem ser usados como adjetivos ou substantivos [1].
        Os plurais neutros latinos, quando empregados em português, ora são utilizados como verdadeiros latinismos, ora são incorporados ao léxico como palavras aportuguesadas e, portanto, sujeitas às flexões do nosso idioma. Podemos citar como exemplos:

        memorandum, memoranda– memorando, memorandos
        ultimatum, ultimata– ultimato, ultimatos
        dejectum, dejecta– dejeto, dejetos

        Há casos em que o plural neutro latino passa para o singular em português, como em agenda e errata. Nestes casos, forma-se o plural pelo acréscimo da letra s: agendas e erratas [2].
        Teoricamente, temos as seguintes possibilidades para o uso de ingesta e excreta como termos médicos:

        l. Manutenção da palavra como latinismo: ingesta e excreta. Como não há gênero neutro em português, devemos atribuir um gênero gramatical às palavras ingesta e excreta. Neste caso, há flexão somente do artigo: os ingesta, os excreta; ou as ingesta, as excreta.
        2. Aportuguesamento no gênero masculino: os ingestas, os excretas. ou os ingestos, os excretos.
        3. Aportuguesamento no gênero feminino. Diríamos: as ingestas, as excretas.

        Excreto, no singular, encontra-se averbado como adjetivo em vários léxicos do século passado.
        Excretos, como substantivo masculino plural, aparece nos dicionários de Vieira [3] Lacerda [4] Aulete [5] e em quase todos os dicionários atuais.
        Ingesto é forma inusitada em português, ausente na maioria dos léxicos, porém averbada como adjeetivo no Vocabulário da Academia Brasileira de Letras.[6]
        Na opinião de Plácido Barbosa, ingestos, no plural, seria a forma mais apropriada de tradução do latim ingesta.[2] Em seu lugar, encontra-se ingesta, ora como latinismo, ora como palavra aportuguesada. O léxico mais antigo que averba o termo ingesta é o de Vieira, com a seguinte definição: "Nome dado a todas as substâncias a serem introduzidas no corpo pelas vias digestivas: tais são os alimentos, os condimentos e as bebidas". [3]
        Ingesta encontra-se em quase todos os dicionários modernos, sendo de estranhar a sua ausência no Novo Dicionário da Língua Portuguesa, de Aurélio Ferreira.[7]
        A melhor opção, a meu ver, seria o aportuguesamento, no singular, do plural latino, tal como agenda e errata, formando-se o plural vernáculo com o acréscimo da letra s. Quanto ao gênero, a maioria dos lexicógrafos preferem o gênero feminino, tendo em conta a terminação em a. Diríamos, portanto, as ingestas e as excretas.
 

1. ALMEIDA, N.M. - Gramática metódica da língua portuguesa, 37.ed., São Paulo, Ed. Saraiva, 1992, p.554.
2. BARBOSA, P. - Dicionário de terminologia médica portuguesa. Rio de Janeiro,Liv. Francisco Alves, 1917.
3. VIEIRA, D. - Grande dicionário português ou Tesouro da língua portuguesa. Porto, Ernesto Chardron e Bartholomeu H. de Moraes, 1871-1874.
4. LACERDA, J.M.A.A.C. - Dicionário enciclopédico ou Novo dicionário da língua portuguesa. Lisboa, F. Arthur da Silva, 1874.
5. AULETE, F.J.C. - Dicionário contemporâneo da língua portuguesa. Lisboa, 1881.
6. ACADEMIA BRASILEIRA DE LETRAS - Vocabulário ortográfico da língua portuguesa, 3. ed. Rio de Janeiro, Imprensa Nacional, 1999.
7. FERREIRA, A.B.H. - Novo dicionário da língua portuguesa, 3.ed. Rio de Janeiro, Ed. Nova Fronteira, 1999.